Вам наверно захочется, что бы при установки показывались всякие там Ваши логотипы. Или немного изменить внешний вид и расположение кнопок и элементов. К счастью программа инсталляции поставляется в исходном коде. Вы можете найти ее по пути.

Диск:\Program Files\Microsoft Visual Studio\VB98\Wizards\PDWizard\Setup1

Там имя проекта Setup1.vbp. Открываете проект и начинаете редактировать.